Apertura
El 4 de diciembre de 2005, catorce años después de su muerte, se abrió el proceso diocesano para la causa de canonización de Mons. Alfonso Gallegos. La solemne apertura tuvo lugar en la catedral del Santísimo Sacramento, Sacramento (California), presidida por el Obispo de la diócesis, Mons. William K. Weigand.
Durante el proceso se entrevistaron 130 testigos que conocieron a Gallegos. El proceso diocesano fue terminado el día 5 de noviembre de 2006, un día después de la celebración de los 25 años de la ordenación episcopal (4 de noviembre de 1981) de Mons. Gallegos. La Congregación de las Causas de los Santos en Roma dio el Decreto de Validez del proceso diocesano el día 4 de julio de 2008.
Restos mortales
El 10 de marzo de 2010 la Congregación de la Causa de los Santos concedió el permiso para exhumar el cuerpo de Mons. Gallegos desde el cementerio de St. Mary’s y trasladarlo al santuario de Nuestra Señora de Guadalupe, Sacramento, situado en el centro de la ciudad.Los restos mortales fueron depositados en la nueva tumba el 27 de marzo de 2010 donde los fieles acuden pidiendo su intercesión.
La Positio Super Virtutibus
(exposición en escrito sobre su vida, ejercicio de las virtudes heroicas y fama de santidad) fue entregada a la Congregación de las Causas de los Santos el 25 de junio de 2014. El 17 de marzo de 2016 la Comisión de los Teólogos aprobó dicha Positio. Los Obispos y Cardenales de la Congregación de los Santos dieron sus votos favorables el 5 de julio de 2016. El 8 de julio de 2016 el Papa Francisco autoriza la misma Congregación de promulgar el decreto de sus virtudes heroicas, concediéndole el título de Venerable.